Vykdydamas savo veiklą Marijampolės savivaldybės visuomenės sveikatos biuras bendradarbiauja su bendruomenėmis, nevyriausybinėmis organizacijomis, savivaldybės mokyklomis, Marijampolės visuomenės sveikatos centru. Taip pat bendradarbiaujama su kitais savivaldybių visuomenės sveikatos biurais.
Šiuo metu pasirašytos bendradarbiavimo sutartys su: